Okulumuz Şehir merkezinde Belediyeye ait bir binada geçici olarak, 1977-1978 öğretim yılında Eğitim ve Öğretime başlamıştır.
Daha sonra İmam-Hatip Lisesi Yaptırma ve Koruma Derneği tarafından Hindoğlu Yokuşu mevkiinde 1981 yılında bir bina yapılarak, eğitim ve öğretime bu binada başlanmıştır.
Daha sonra 1984- 1985 öğretim yılında gerekli işlemler tamamlandıktan sonra okulumuz mevcut binası ve arsası ile birlikte Bakanlığımız Din Öğretimi Genel Müdürlüğüne İmam-Hatip Lisesi hizmetinde kullanılmak üzere Bakanlığımıza devredilmiştir. 1989-1990 öğretim yılında ise kız öğrencilerimize Eğitim ve Öğretim vermeye başlamıştır.
Mevcut binamız yetersiz gelmeye başlayınca 1995 yılı Haziran ayında Bakanlığımızın onayı ile bir ek derslik binasının temeli atılmış ve aynı yıl Koruma derneğince yapımına başlanılmıştır. 1998 yılında ise yeni yapılan bu binada eğitim ve öğretim verilmeye başlanılmıştır. Eski binamız ise 12.06.2006 tarih ve 1711 sayılı onay ile 2006-2007 öğretim yılından itibaren 60 öğrenci kontenjanı olan D.P.Y. pansiyonu olarak hizmete girmiştir.Ayrıca okulumuzda 2012-2013 Eğitim Öğretim ylından itibaren Anadolu İmam-Hatip Lisesi ve İmam-Hatip Ortaokulu şubeleri de eğitim-öğretime başlamıştır.
2014-2015 Eğitim-Öğretim yılı Şubat ayı itibariyle de okulumuz eski Halk Eğitim binasında  İskilip Kız Anadolu İmam Hatip Lisesi olarak ayrılmıştır. İmam Hatip ortaokulu ve Lisesi olarak kız öğrencilerimize eğitime devam etmekteyiz.288 öğrenci kapasiteli parasız yatılıpansiyonumuz mevcut olup halen parasız yatılıolarak 100 öğrencimiz mevcuttur.